Nonostante il produttore 2K Games avesse avvertito i giocatori prima del rilascio del gioco, sul forum di 2K Games ci sono diverse proteste per l'assenza del supporto al gamepad nella versione PC di BioShock 2. C'è anche l'inevitabile petizione in cui si richiede il rilascio di una patch. 2K Games ha subito risposto alle proteste ribadendo che non sarà incluso il supporto al gamepad nella versione PC. C'è comunque un workaround non ufficiale per ovviare al problema (vedi qui).

"Abbiamo apportato diversi cambiamenti all'interfaccia per la versione PC del gioco. La decisione è stata presa tempo fa perché riteniamo che su PC giocare con mouse e tastiera sia la soluzione migliore. Il supporto a mouse e tastiera ci ha tolto una certa quantità di tempo perché abbiamo dovuto rivedere l'interfaccia. Per esempio abbiamo rimosso i menu radiali per la selezione delle armi e dei plasmidi e abbiamo introdotto un menu che riflette meglio i layout delle tastiere", è la posizione ufficiale di 2K Games.

Il primo BioShock supportava i gamepad, consentendo di avere anche su PC un'esperienza di gioco simile a quella che si ha su console. D'altronde, l'altro gioco di riferimento dell'ultimo periodo, ovvero Mass Effect 2, manca anch'esso del supporto ai gamepad. In entrambi i casi gli sviluppatori hanno pesantemente rivisto le rispettive interfacce di gioco e quindi differenziato le versioni console da quella PC. Ovviamente, su console sia BioShock 2 che Mass Effect 2 continuano a non supportare mouse e tastiera.

C'è un'altra protesta sul forum di 2K Games (vedi qui), e riguarda il supporto non adeguato alle risoluzioni widescreen della versione PC di BioShock 2. Quando si imposta la risoluzione widescreen il software procede in realtà a un ritaglio dell'immagine in risoluzione 4:3, senza consegnare la prospettiva più ampia che normalmente è possibile in widescreen. 2K Games è già al lavoro per risolvere questo problema e rilascerà una patch il prima possibile.