Uprising aggiunge quattro mini-campagne, una per ogni fazione del gioco, e una nuova campagna incentrata sul commando di Yuriko, Empire of the Rising Sun. Verrà introdotta anche la modalità Commander's Challenge, in cui il giocatore deve sfidare nove comandanti provenienti da territori diversi e a diversi livelli di difficoltà, il tutto attraverso 50 sfide. Ogni comandate ha precise caratteristiche e segue determinate regole di gioco.

Sono state allestite nuove sequenze di intermezzo, per cui torneranno le attrici Gemma Atkinson e Ivana Milicevic, già viste nel gioco originale. Ci saranno anche nuovi interpreti, i cui nomi saranno annunciati prossimamente.

I programmatori di EA Los Angeles sostengono di aver seguito i suggerimenti dei giocatori e hanno reso, pertanto, il gioco più rapido e più fluido, oltre che aggiungere nuove sequenze di intermezzo per portare avanti la storia iniziata con il gioco originale. Attraverso la modalità Commander's Challenge, inoltre, verranno aggiunte unità inedite.