Warhammer Online contiene due fazioni distinte: Order e Destruction. Ognuna delle due fazioni comprende tre classi differenti; i personaggi di ogni classe possono evolversi all'interno di una delle quattro carriere disponibili. La conformazione fisica dei personaggi subirà dei cambiamenti in base al numero di battaglie affrontate e al livello di esperienza.

I programmatori di EA Mythic hanno pensato ad un sistema che rileva le collisioni tra personaggi appartenenti a fazioni differenti (il sistema non funziona con gli NPC e con i personaggi amici). La caratteristica principale di Warhammer Online riguarda, tuttavia, il cosiddetto Realm vs. Realm, definito "di nuova generazione" dagli sviluppatori.

L'RvR di Warhammer Online include tre tipi di battaglia, a seconda delle razze coinvolte: vs. Greenskins, Empire vs. Chaos e High Elves vs. Dark Elves. Si annoverano gli skirmish, PvP casuali; i battlefield persistenti, consistono in battaglie ad obiettivi; gli scenario, battaglie tra fazioni differenti all'interno di istanze; Campaigns, in cui l'obiettivo è conquistare le città avversarie.

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